昭和30年代、日本経済は急成長を遂げ、それにともない豚肉の需要が大幅な伸びをしめしましたが、当時、わが国に飼育されていた豚は生産性の低い中ヨークシャーやバークシャーなどの中型種でした。そこで昭和30年代の中頃から生産性の高い大型種（ランドレース、大ヨークシャー、ハンプシャー、デュロックなど）が種豚として多数輸入されました。これにより、わが国の豚の品種改良は急速に進歩を遂げましたが、同時に当時の日本には発生がみられなかった慢性伝染病の蔓延を許してしまったのです。ちょうどこのころ米国で開発されたＳＰＦ養豚の技術が日本にも紹介されました。昭和38年、農林省家畜衛生試験場（当時）にＳＰＦ研究班が組織され、ＳＰＦ豚の作出技術の開発研究がスタートしました。そして第1号のＳＰＦ豚が昭和40年に誕生しました。その後、ＳＰＦ豚の作出は試行錯誤を繰り返しながらも着実に進められました。作出されたＳＰＦ豚は実験動物として研究に活用される一方、養豚産業への応用が民間との共同研究によって進められました。そして、実用を目的としたＳＰＦ豚農場が昭和43年に誕生しました。昭和44年には任意団体として、日本ＳＰＦ豚協会が設立されました。

しかしながら、ＳＰＦ養豚の普及は遅々として進まず、ＳＰＦ豚を断念するところも出てきました。当時は経済の高度成長期でもあり、ＳＰＦ豚でなくとも作れば売れる時代でした。また、一方ではＳＰＦ豚のような“箱入り娘”は病気に弱く、実用価値に乏しいという根強い誤解もありました。昭和40年代から50年代前半にかけて、ＳＰＦ養豚は冬の時代だったといえるかも知れませんが、今ふりかえってみるといろいろな失敗をのりこえて技術を蓄積する貴重な時間だったように思われます。

昭和50年代後半になるとＳＰＦ豚の有利性が徐々に理解されるようになり、ＳＰＦ豚農場の数も増加し始めました。これにともない、自称ＳＰＦ豚や無菌豚などの表示が豚肉販売店に目立つようになり、消費者の正しい理解を損なう恐れがでてきました。そこで、日本ＳＰＦ豚協会は「ＳＰＦ豚農場認定制度」を創設することによって、ＳＰＦ養豚の正しい理解と普及をめざすことにしたのです。ＳＰＦ豚農場認定制度は平成6年に発足し、現在に至っています。